Au 12ème siècle dans le vallon situé entre la montagne St Siméon et celle des Chesnez est situé un hôpital pour les lépreux. Lazaret, Léproserie, Ladrerie ou Maladrerie ses biens fonds sont assez considérables et de bienfaiteurs inconnus. Les opinions divergent sur une ou deux léproseries (St Siméon et Ste Marguerite), une pour les hommes et une pour les femmes ? Tout près d'elles, il y a deux oratoires et un cimetière spécial reçoit les restes des lépreux. La ou les léproseries possède(nt) les moulins et la ferme du Saulce. L'évêque Henri de VILLENEUVE ratifie en 1231 la vente de cette propriété que le Recteur des lépreux consent aux Templiers.

D'après l'Abbé POTEL, en 1486 il ne reste que trois malades dans la léproserie Ste Marguerite. En 1488 les bâtiments qui tombent en ruine sont donnés au chapelain Michel LE CARON qui a la réputation d'être un excellent médecin. A cette époque il est le seul à AUXERRE. En cas de contagion, des médecins viennent de PARIS, de TROYES ou de NEVERS. En 1624 les bâtiments à nouveau en ruine sont cédés à la ville d'AUXERRE moyennant une modique pension au dernier chapelain. Une délibération du 11 avril incorpore la léproserie au Grand Hôpital. En 1743 les bâtiments et l'oratoire sous l'invocation de St Siméon ont disparu et la grande chapelle isolée de Ste Marguerite est démolie sur accord de l'Évêque à charge pour l'Administration de la faire remplacer par une plus petite qui subsistera jusqu'en 1808.

Un édit du mois de juin 1662 crée les Hôpitaux Généraux dans les provinces. Le 16.09.1672 l'autorisation est donnée à AUXERRE pour fonder cette structure sur l'Hôtellerie dite du " Panier Vert " près de la porte du Pont. La maison appartient aux sieurs FROMENT et JOLY, est louée 300 livres par an et nommée Hôpital St Nicolas. Les lettres patentes de Louis XIV de mars 1675 enregistrées le 09.03.1678 au Parlement consacrent définitivement cette création. L'Évêque est Président du bureau d'administration.

Le nombre d'admissions dépasse les prévisions. L'administration cherche d'autres bâtiments pouvant servir de succursale. Un hôpital bâti en 1586 et achevé en 1603 sur les bords de l'Yonne pour recevoir les malades atteints de la peste paraît réunir les conditions souhaitées. Il appartient à la ville qui le loue au fermier des coches d'eau et de terre le sieur NIGOT, car aucune maladie contagieuse ne s'est déclarée depuis des années.

Il est appelé " Maison de Santé ", " Maladrerie ", " Hôpital St Sébastien " mais plus communément " Hôpital St Roch ". Le petit faubourg sur lequel il est bâti en tirera son nom : La Maladière.

Les Administrateurs de l'Hôpital St Nicolas obtiennent pour annexe les bâtiments de l'Hôpital St Roch à charge pour eux de les entretenir et de les rendre à leur destination si de nouvelles maladies contagieuses se déclarent . Deux religieuses de l'Hôpital des Grandes Charités y soignent les malades. Toutes les dépendances sont entourées de murs. En 1687 elles sont en si mauvais état qu'il faut les reconstruire. La ville donne son accord à leur démolition. Les matériaux sont vendus au sieur LEGUEUX fils pour 2000 livres. Le terrain en dépendant reste propriété de la ville.

Le 01.12.1682 le nombre des pauvres admis est de 120. Le " Panier Vert " ne suffit plus, il est insalubre et les ressources font défaut. Ce n'est que le 06.11.1684 que l'Assemblée Générale du clergé d'AUXERRE accorde au Bureau d'Administration le droit de construire des bâtiments spéciaux. Le choix se fixe sur un terrain d'environ 1.5 arpent le long du " Grand Chemin de Paris " hors de la Porte St Siméon, à proximité de la Chapelle Notre-Dame-De-Lorette. Les constructions sont entreprises au prix de 16.200 livres et achevées en 2 ans avec un surcoût de 1030 livres. La réception des travaux est réalisée le 20.06.1686. Des bâtiments complémentaires sont successivement construits et le périmètre des terrains agrandi pendant les années 1688, 1724, 1743, 1756, 1759 et celles qui suivent. Le grand portail est élevé aux frais de l'Évêque Nicolas COLBERT. En témoignage de reconnaissance, ses armoiries y sont placées ainsi que celles du Duc d'ENGHIEN, Gouverneur de la province. Au dessous cette inscription : HÔPITAL GÉNÉRAL fondé par la Ville d'AUXERRE.

L'Abbé POTEL écrit en 1760 : " La pauvreté de la maison est telle qu'elle ne peut avoir un prêtre en titre ". La famille BAUDESSON remet 3000 livres pour y entretenir un chapelain qui sera nommé Recteur par un arrêt du Parlement de 1760. La situation s'améliore après la mise en place d'une filature de coton avec fabrication de bas et de bonnets. Le 17.12.1760 le nouveau cimetière de l'établissement est béni. (aucun document ne permet de connaître l'emplacement de l'ancien et du nouveau cimetière, les fouilles faites pour la construction de l'Asile d'Aliénés n'en ont fait découvrir aucune trace). Au fur et à mesure de nouveaux bâtiments s'élèvent. La chapelle est démolie et reconstruite, un puits est creusé et une horloge installée au dessus du bâtiment principal, le tout sous la direction du Recteur André VERRIEN DUPUY.

Au début de la Révolution, l'Hôpital Général est annexé à l'Hôtel Dieu (dit de la Madeleine), situé dans la rue Germain Bénard actuelle. Le 05.07.1808 Napoléon 1er publie un décret qui dispose qu'un Dépôt de Mendicité soit créé dans chaque département, les structures passées ne donnant pas entière satisfaction. Par décret du 22.10.1810 l'Hôpital Général et l'Hôtel Dieu sont réunis en un seul et même établissement avec transfert dans les bâtiments de l'ancienne Abbaye de St Germain - condition expresse : indépendamment des malades civils et militaires de l'Hôtel Dieu, l'Administration doit rétablir pour les vieillards et orphelins de père et de mère indigents le nombre de lits prescrit par les fondations ou qui étaient précédemment entretenus par l'Hôpital Général.

L'Hôtel Dieu doit alors faire concession et abandon à l'Administration des bâtiments de l'Hôpital Général pour y placer le Dépôt de Mendicité qui doit recevoir 150 à 200 mendiants. Prix de la cession : 68.000 F - Intérêts à 5% - Acte du 31.12.1811 reçu chez Me DESCHAMPS notaire à AUXERRE. Un Directeur est chargé de ce dépôt, il a sous ses ordres une lingère en chef, un garde magasin et un portier. Le premier est Monsieur BAROLET de ST ROMAIN (décision ministérielle du 20.08.1810). Suspendu pendant les 100 jours, il est rétabli dans ses fonctions le 07.08.1815 puis remplacé par Monsieur MOREAU-DUFOURNEAU (décret du 23.01.1816). Les évènements de 1815 entravent l'achèvement de l'installation du Dépôt de Mendicité.

En 1817 sur proposition du Préfet, le Marquis de GASVILLE, le Conseil Général demande l'autorisation de convertir le Dépôt de Mendicité en un Asile destiné à accueillir les infirmes, les orphelins, les mendiants et les insensés ; ce qui est accordé le 13.08.1818. En 1822 par ordonnance royale du 14 mai il est transformé en Hospice Départemental pour les Insensés et les Incurables. Le Dépôt de Mendicité est supprimé à partir du 01.01.1824.

Pendant 30 ans il n'en existera plus dans l'Yonne. C'est à l'initiative du Préfet HAUSSMANN mais après son départ qu'un décret du 10.02.1853 autorisera à nouveau sa création. Il sera placé dans une partie des bâtiments de l'ancien Hôpital de la Madeleine, devenu propriété de la Ville depuis que l'Hôtel Dieu aux termes du décret de 1810 a été transféré dans l'ancienne Abbaye de St Germain. Les services de l'Etablissement Départemental d'Assistance seront définitivement transférés en 1901/1902 dans les nouvelles installations route de Toucy. Ce transfert permettra la percée de la rue Marcellin Berthelot.

En 1831 un arrêté du Conseil Général stipule que l'Hôpital Général ne doit recevoir que des malades mentaux (90 aliénés). Jusqu'en 1840 l'Asile d'Aliénés est confié à la Congrégation Religieuse des Sœurs de la Providence d'EVREUX, sous la surveillance d'une commission administrative nommée par le Ministre sur proposition du Préfet, Président. Les sœurs sont secondées par deux médecins : les Docteurs PARADIS et COUROT. Elles sont remplacées par du personnel laïque (article 34 de l'ordonnance du 18.12.1839 et loi de 1838). Le 20.06.1840 Monsieur le Docteur GIRARD de CAILLEUX est appelé à la Direction de l'Etablissement. Il est à l'origine des constructions nouvelles, graduelles et successives avec la dérivation des eaux des Petite et Grande Fontaines Ste Marguerite. Les plans sont approuvés par décision ministérielle du 13.08.1843 - architectes : Messieurs BOIVIN et PIEPLU- lavoir, réservoir, lieux d'aisances, murs de clôture, préaux de l'infirmerie, bâtiment des bains, galeries, appareils de chauffage, 2ème bâtiment hospitalier (malades paisibles), galerie de service reliant le 1er bâtiment (dit infirmerie) au second.

En 1850 est nommé un magistrat éminent à la tête du Département : M HAUSSMANN. S'en suivent de nouvelles constructions et aménagements - quartier des hommes, buanderie, boulangerie, bûchers, 3ème bâtiment hospitalier (malades semi-paisibles), bâtiments cellulaires, bâtiment central dit des services généraux, grille d'entrée, logements du concierge, du médecin directeur, raccordement de la salle d'autopsie avec le quartier des hommes et la chapelle…). En 1852 l'ancien vignoble des moines de St Germain, le " Clos la Chaînette " devient propriété de l'Asile.

Le Docteur GIRARD de CAILLEUX quitte l'établissement en 1860, appelé aux fonctions d'inspecteur général des aliénés de la Seine. Lui succède Monsieur le Docteur RENAUDIN qui le 17.07.1861 est nommé à la direction de l'Asile de Dijon. Monsieur le Docteur PORET nouveau nommé apporte diverses améliorations (achat de terrains, nombreux travaux exécutés par les malades, parcelles de terrain en cultures diverses, allées de service et d'agrément bordées de nombreux arbres fruitiers…).

L'Asile d'AUXERRE sera choisi comme modèle pour la construction des asiles de la Seine, et un magnifique panorama sera réalisé au crayon par Victor PETIT.